Dopo la Riforma i Paesi Bassi si sono trovati divisi in una nazione in parte cattolica e in parte protestante. La zona a nord di una linea che congiunge approssimativamente la provincia di Zeeland nella parte sud-occidentale del paese con la provincia di Groningen nel nord-est è per tradizione protestante, mentre la zona a sud di questa linea è prevalentemente cattolica. La comunità protestante è stata ulteriormente divisa in base a forme diverse di protestantesimo, come il movimento Riformista, le varie chiese ortodosse o liberali e la comunità luterana.

Sin dal XVII secolo, ovvero da quando numerosi rifugiati dalla Spagna e dal Portogallo si sono insediati in questa terra, nei Paesi Bassi vive anche una comunità ebraica. Molti sono anche gli Ugonotti francesi che hanno trovato rifugio in questa nazione, mentre gli indù e i musulmani sono arrivati in tempi più recenti dalle ex-colonie olandesi dell’Indonesia e del Suriname. La comunità musulmana è cresciuta a partire dagli anni Sessanta grazie all’arrivo di immigrati prevalentemente dal Marocco, dalla Turchia, dall’Indonesia e dal Suriname. Oggi nel paese vivono circa 570.000 musulmani e si contano oltre 300 moschee.

Dagli anni Cinquanta l’influenza della Chiesa nei Paesi Bassi ha subito un costante declino. Sta scomparendo la tradizione di seguire la religione dei propri genitori e questo ha comportato forme di secolarizzazione sia tra i cattolici sia tra i protestanti. Sebbene la maggioranza degli olandesi non appartenga più a una chiesa, le varie comunità religiose continuano a esercitare una forte influenza sulla società.

La libertà di culto è garantita dalla Costituzione del 1848. Chiesa e Stato sono divisi e questo implica che lo stato non interviene nelle questioni interne in materia religiosa o nelle organizzazioni ideologiche che, da parte loro, non hanno alcun coinvolgimento negli affari dello stato. Tuttavia il governo gioca un certo ruolo nella promozione delle loro attività. Per esempio la legge prevede che chi fornisce assistenza sanitaria garantisca al cittadino in stato di bisogno la possibilità di accedere a un consigliere spirituale della sua religione.